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A Rede Natura 2000 é um plano sectorial que visa colocar em a prática a política ambiental de conservação da natureza assumida, bem como o regime das áreas protegidas adoptado e patente no DL 19/93. Este instrumento relaciona-se, não só com premissas nacionais mas também com concepções de âmbito comunitário.

Deste modo, a Rede Natura 2000 é um projecto que se baseia na sua essência na transposição de duas Directivas Comunitárias:
● a Directiva do Conselho 79/409/CEE – esta foi adoptada em 1979 e tem como principal objectivo a protecção das aves selvagens, terrestres e marítimas;
● a Directiva do Conselho 93/43/CEE – adoptada em 1992 visa essencialmente a conservação dos habitats naturais terrestres e marítimos e a protecção da fauna e flora selvagens que se encontram em estado de ameaça, raridade ou vulnerabilidade.

Estes actos comunitários, igualmente designados (e mais comummente conhecidos) por “Directiva das Aves” e “Directiva Habitats”, criam as bases necessárias a protecção e conservação de todos estes elementos, tanto em Portugal como para os restantes países europeus. Assim, a Rede Natura 2000 surge como um plano capaz de organizar, concretizar e consolidar estes objectivos definidos pela União Europeia.

E para realizar de modo eficaz estes parâmetros foram criadas duas áreas específicas:
● As ZPE – as Zonas de Protecção Especial concretizam algumas das questões inseridas na “Directiva Aves”, nomeadamente no que respeita à protecção de 182 espécies e subespécies de aves e de aves caracterizadas como migradoras. Existem actualmente 18 ZPE’s no território continental, 3 na ilha da Madeira e 15 na ilha dos Açores. Todavia, encontra-se em discussão a possibilidade de formação de novas zonas.
● As ZEC – as Zonas Especiais de Conservação inserem-se na problemática da “Directiva Habitats” e visam a conservação de 253 tipos de habitats, 200 animais e 434 plantas, ou seja, de toda a Biodiversidade.

O estabelecimento destas zonas depende previamente da elaboração, por cada Estado-Membro (no nosso país o organismo responsável é o ICNB), de uma lista – designada Lista Nacional de Sítios – mediante critérios definidos pela Directiva. A partir destas listas nacionais são seleccionados Sítios de Importância Comunitária (SIC), através de discussões bilaterais entre a Comissão Europeia e os respectivos Estados Membros. Para além destes intervenientes podem também participar outros organismos como a Agência Europeia do Ambiente. A selecção é feita em conformidade com os critérios especificados na Directiva e obedece a uma divisão por Região Biogeográfica, encontrando-se Portugal incluído em três das seis estabelecidas para a totalidade da União Europeia): a Região da Marconésia – Arquipélagos da Madeira e dos Açores; Região Atlântica e Região Mediterrânica – território do Continente.

Todavia, a Rede Natura 2000 não termina aqui o seu trabalho. Exige-se uma continuidade na dinâmica deste projecto e um permanente processo de investigação, na medida em que, devido às contínuas alterações ambientais, urge a necessidade de proteger e conservar cada vez mais espécies e habitats. Deste modo, prevê-se um alargamento das ZPE’s e ZEC’s, bem como modificações na Lista de Sítios de Importância Comunitária.